أدانت منظمات حقوقية دولية، ومن بينها "هيومن رايتس ووتش" ومنظمة العفو الدولية، قوات المجلس الانتقالي الجنوبي بقيادة عيدروس الزبيدي بارتكاب انتهاكات جسيمة ضد المواطنين في المحافظات الجنوبية. 

ووثقت التقارير تنفيذ اعتقالات تعسفية وإخفاء قسري لما لا يقل عن 40 شخصاً، بينهم أطفال، إلى جانب ممارسات التعذيب وسوء المعاملة بحق محتجزين وإجبارهم على الاعتراف قسراً، كما هو الحال مع الصحفي أحمد ماهر.

واتهمت المنظمات قوات الانتقالي بإدارة مراكز احتجاز غير قانونية وعرقلة عمل هيئات التحقيق الرسمية، والتي وصلت إلى حد احتجاز أعضاء من اللجنة الوطنية للتحقيق في سقطرى لمنع توثيق هذه الانتهاكات.